Les effluents apportent des matières en suspension qui sont retenues dans les premiers centimètres du sol. Les matières organiques ainsi apportées se dégradent lentement en libérant des éléments minéraux.

Les éléments minéraux contenus dans les effluents pénètrent dans le sol avec l’eau qui les contient. Ils s’y fixent de différentes manières, à l’exception des nitrates et chlorures (NO3, Cl) qui restent en solution.

Par percolation (écoulement de l’eau à travers le sol) ces deux derniers éléments peuvent être entraînés vers la nappe phréatique ; l’efficacité du système racinaire pour réduire la concentration de ces deux éléments sera donc déterminante dans le but de protéger les eaux souterraines, tout spécialement vis à vis de l’azote.

Les micro-organismes du sol agissent sur la matière organique et sur certains minéraux. Ainsi par exemple, une partie de l’azote est perdue sous forme gazeuse, ce qui complète l’action épuratrice du taillis.

Les racines des plantes (ici du saule en TTCR) absorbent les différents minéraux dans le stock du sol et les utilisent pour leur croissance. Les plantes prélèvent ces minéraux en fonction de nombreux facteurs et selon la richesse du milieu, etc.